Der Bau der St. Cyriakus-Kirche entstand in der Zeit von 1250 bis 1490 und zwar in 3 großen Bauabschnitten.
Zunächst wurde um 1250 das Westwerk, allerdings nur mit dem nördlichen Turm, vor eine bereits vorhandene (romanische Kirche) gebaut. Im Turm befindet sich bis heute noch die Turmerstube für den Stadtwächter ("Tornemann"), der von dort oben aus die Stadt überblicken und bei Gefahr "Sturm" läuten konnte. Das Westwerk ist frühgotisch und wie das sehenswerte Portal zeigt, von der Bauhütte beeinflusst, die die Elisabethkirche in Marburg gebaut hat.
1394 wurde dann der Grundstein zum hochgotischen Chorraum gelegt. Baumeister war Wilhelm Knoke. Er hatte Verbindungen zur Prager Bauhütte (Teyn-Kirche 1380).
Nachdem dieser Bauabschnitt fertiggestellt war ging man daran, das noch verbliebene romanische Mittelschiff durch ein spätgotisches zu ersetzen.
Anfangs errichtete man die Außenmauern des jetzigen Mittelschiffs. Das romanische Mittelschiff blieb also zunächst stehen und wurde erst abgerissen, als der Fortgang des Baues dies erforderte. Es stand also auch während der Bauarbeiten für den Gottesdienst noch lange zur Verfügung. Die Arbeiten wurden schließlich mit der Einwölbung 1490 durch Meister Helmholtz aus Göttingen abgeschlossen.

1854 wurde dann das Westwerk durch einen zweiten Turm ergänzt.
An Steinmetzarbeiten sind neben dem bereits erwähnten Hauptportal sind vor allem die 80 Schlußsteine im Deckengewölbe der Kirche zu erwähnen. Neben einigen Christusdarstellungen (Tod und Auferstehung) sind vor allem Heilige in den Schlußsteinen abgebildet. Nur drei sind mit den Wappen der Stifter bzw. des Baumeisters geziert.

Die Fresken in den beiden Jochen vor der Orgel sind bald nach der Einwölbung 1490 entstanden (Allegorische Gegenüberstellung von Heil und Unheil).

Von der Innenausstattung sind vor allem folgende Kunstwerke erwähnens- und
sehenswert:

	Hochaltar (Flügelaltar gotisch um 1510)
	Gnadenstuhl - Altar (gotisch um 1480) ehem. St. Martini, Duderstadt
	Beweinung Christi (spätgotisch)
	Kreuzigungsgruppe (gotisch)
	Heilige Sippe (Übergang spätgotisch/Renaissance)
	Gildeleuchter (barock 1720-1750)
	Taufbrunnen (barock 1694)
	Orgel (1734 barock) das größte Werk des Orgelbauers Johann Creutzburg
	Hl. Familie auf der Flucht (barock)
	Apostelfiguren (barock 1664)

Trotz der unterschiedlichen Bauphasen macht der Bauwerk einen sehr geschlossenen Eindruck und gehört sicher zu den Sehenswürdigkeiten des Eichsfeldes.
Erwähnenswert sind natürlich auch einige Goldschmiedearbeiten, die zur Propsteikirche gehören.
Ältestes Stück ist das romanische Reliquienkreuz aus dem 13. Jhdt. Es stammt aus Nordhausen (Stiftskirche zum Heiligen Kreuz) und kam durch Kauf 1672 nach Duderstadt.
Ein spätgotischer Kelch, Stiftung der Jakobus Bruderschaft Duderstadt (Angang 16. Jhdt.).
Eine große Monstranz von Johann David Saler (Augsburg 1716)

Im Jahre 1894 wurde die Pfarrkirche St. Cyriakus anläßlich der 500-Jahrfeier der Grundsteinlegung des Chorraumes durch den Papst zur Propsteikirche erhoben. Das entsprach sicher einer Bitte des damaligen Fürstbischofs von Breslau, Kardinal Kopp, der gebürtiger Duderstadter war.
Heute gehören zur Pfarrgemeinde St. Cyriakus 6000 katholische Christen.